Skladové zásoby od dodavatele můžete importovat buď do hlavního skladu, nebo do separátního skladu, aby se vám informace v hlavním skladu nepřepisovaly. Na eshopu se pak bude počet položek na skladě zobrazovat jako součet množství na všech skladech dohromady.

Používání více skladů v Shoptetu má nepříjemné úskalí spočívající v tom, že při zakoupení produktu zákazníkem dochází k jeho vyskladnění z výchozího skladu. Může proto dojít k následující situaci: pokud produkt není na vlastním (výchozím) skladu, zákazník nakoupí množství produktu dostupné u dodavatele, čímž se vytvoří záporná hodnota na výchozím skladu. Ta zde zůstává i v případě, kdy dodavatel produkt opět naskladní; celková skladová zásoba nadále neodpovídá realitě a je možné, že produkt vůbec nebude v nabídce viditelný, dokud nedojde k opravě počtu hodnoty na výchozím skladu. Obvykle je proto vhodnější skladové množství dodavatele do Shoptetu nepřenášet a pracovat pouze s dostupnostmi - jak přenos správně nastavit popisuje další článek naší nápovědy.